1、科属不同
毒芹是伞形科，毒芹属的多年生草本植物，高可达100厘米。主根短缩，支根多数，根状茎有节，茎单生，直立，叶鞘膜质，抱茎。
水芹是叶形科，水芹属多年生草本植物，茎直立或基部匍匐。基生叶有柄，基部有叶鞘；叶片轮廓三角形。
2、分布不同
毒芹分布于中国黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古、河北、陕西、甘肃、四川、新疆等省区。俄罗斯的远东地区、蒙古、朝鲜、日本已有分布。生于海拔400-2900米的杂木林下、湿地或水沟边。
水芹分布于中国各地。于印度、缅甸、越南、马来西亚、印度尼西亚的爪哇及菲律宾等地也有分布。
3、作用不同
毒芹含有毒物质毒芹素和毒芹碱，牲畜误食会引起中毒。加热与干燥可降低毒芹毒性。毒芹毒素主要让中枢神经系统兴奋。
水芹为高产的野生水生蔬菜，以嫩茎和叶柄炒食，其味鲜美，水芹盛产期在春节前后，正值冬季缺菜季节，在蔬菜周年供应上有较大的实用价值。
参考资料来源：百度百科-水芹
参考资料来源：百度百科-毒芹
这是毒芹。
拓展资料：
1、毒芹菜高可达70～100厘米，茎单生、中空、具分枝，叶片二至三回羽状全裂、边缘具尖锯齿状，基生叶具抱茎的膜质叶鞘，复伞形花序、顶生，半球形，花瓣白色，双悬果近球形，全棵有恶臭。
2、水芹菜属于伞形科水芹菜属，为多年水生宿根草本植物，别名水英、细本山芹菜、牛草、楚葵、刀芹、蜀芹、野芹菜等，原产亚洲东部。分布于中国长江流域、日本北海道、印度南部、缅甸、越南、马来亚、爪畦及菲律宾等地。
3、水芹菜在世界各地被广泛种植，其中比较有名的要数原产欧洲的水田芥、高地水芹以及原产亚洲西部的独行菜，我国中部和南部栽培较多，以江西、浙江、广东、云南和贵州栽培面积较大。
4、野芹菜又名毒芹、白头翁、毒人参、芹叶钩吻、斑毒芹等，为伞形科毒芹属的多年生草本植物，分布在北温带地区，中国毒芹分布在东北，西北，华北地区的沼泽地水边或沟边。
5、野芹菜的叶像芹菜叶，夏天开折花，全棵有恶臭、有毒，根的毒性最大，吃后恶心、呕吐、手脚发冷、四肢麻痹，严重的可造成死亡，人中毒量为30~60毫克，致死量为120~150毫克，加热与干燥可降低毒芹毒性。
6、水芹菜和野芹菜最明显的区分标志是杆上有没有茸毛，野芹菜的茎上是毛茸茸的，而水芹菜没有。其次，野芹菜的叶子宽、短一些更像家芹，而水芹菜的叶齿细长茎也细长。
1、水芹菜的叶子也是可以吃的。水芹菜的叶子的营养价值比水芹菜的茎还要高，所以大家在吃水芹菜的时候，一定不要将水芹菜的叶子直接扔掉，而是将水芹菜的叶子和茎一起炒着吃，这样才不会使得水芹菜的营养白白浪费。根据现代营养学测试，水芹菜的叶子中的胡萝卜素、维生素C、维生素B1、蛋白质、钙等含量比水芹菜的茎要高得多。
2、购买水芹菜的时候注意挑选。一般新鲜的水芹菜的根部多以翠绿色为主，颜色很饱满。在挑选的时候，根部要以干净，颜色翠绿，无斑点为主要挑选对象。如果根部出现少量的黄色，这说明水芹菜存放的时间有点久。一般也可以通过观察水芹菜的叶子看出水芹菜是否新鲜。新鲜的水芹菜的叶子和茎应该是一个颜色的，都是翠绿色，而如果出现黄色、叶子蔫了或者叶子不平整，这说明已经存放了很久了。
3、水芹菜因为长期种植在水中，所以是一种寒性的食物。所以大家在烹饪水芹菜的时候，最好选择温性或者热性的食物一起烧，这样可以中和掉水芹菜的寒性，不要将水芹菜和寒性的食物一起烧。
4、水芹菜本身所含有的水分就比较高，所以在炒水芹菜的时候，就不要放水了，这样会导致水芹菜炒的过熟、没有清脆的口感。在炒制水芹菜的时候，要用大火快炒，以免水芹菜变黄。
以上就是水芹菜挑选、烹饪、食用的一些注意事项，大家在食用的时候一定要记住。
毒芹和水芹相似，值得注意的是，水芹菜和毒（野）芹菜最明显的区分标志是杆上有没有茸毛，野芹菜的茎上是毛茸茸的，而正常的水芹菜则没