鸽粪的发酵可以参考鸡粪的发酵方法，是一样的。
如果是发酵用来喂猪的，则方法如下，如果是发酵用来作农家有机肥的，则发酵方法见后面。
先是用来喂猪的发酵方法，作为饲料的发酵方法：
鸡粪产生后，最好是在数天内进行发酵处理，或可以用塑料薄膜等进行密封处理保存数天。也可以用较细的统糠粉等作为垫料进行采集。垫草也可以用长一点的秸秆（但这种鸡粪发酵后只能用于喂牛羊等反刍动物）
⑴ 发酵配方一：
配料：秸秆粉（玉米秸、麦秸、豆秸、统糠等）200公斤、鲜鸡粪500公斤、玉米粉100公斤、粗饲料降解剂一包+活力99生酵剂一包（或活力99生酵剂两包，发酵剂先与玉米粉中的20公斤进行混合，便于与大料混合均匀）、加红糖或白糖1公斤可促进发酵，将料全部混合均匀。
注意：我们强烈建议使用一部分保健液来发酵鸡粪，或者说全部使用保健液来发酵鸡粪都可以，保健液的使用量为鸡粪量的2-5%，这是因为鸡粪本身的PH值是8左右，碱性比较重，如果直接使用活力99生酵剂粉剂，则需要较多的玉米粉配合发酵，也需要较长的时间来启动发酵，而保健液中含有丰富的有机酸如乳酸，除了立即能降低PH值，使鸡粪回到中性外，还可以起到杀菌的作用（乳酸杀菌作用），能尽快启动发酵。
⑵ 发酵配方二：
注：以上配方一当中，您也可以不加秸秆粉，加秸秆粉的目的是为了吸附鸡粪，便于发酵，因为鸡粪的成分比较复杂，氨气重，有害细菌也相对较多，而秸秆粉的特点是吸附性强、多孔性好、可牢固地吸附鸡粪中的颗粒，有利于发酵剂的发酵反应，同时迅速消除氨臭味，这一点，与发酵床养猪，垫料吸附猪粪，再利用事先吸附在垫料上的微生物进行分解粪便的原理相似。
如果您没有添加秸杆粉，或您当地秸秆很少，粉碎也比较麻烦，则您可以不加秸秆粉，但要增加麦麸或米糠50公斤。配方如下：
配料：麦麸或米糠50公斤、鲜鸡粪500公斤、玉米100公斤、粗饲料降解剂一包+活力99生酵剂一包（或活力99生酵剂两包发酵剂先与玉米粉中的20公斤进行混合，便于与大料混合均匀）、加红糖或白糖1公斤可促进发酵，将料全部混合均匀。
注意：我们强烈建议使用一部分保健液来发酵鸡粪，或者说全部使用保健液来发酵鸡粪都可以，保健液的使用量为鸡粪量的2-5%，这是因为鸡粪本身的PH值是8左右，碱性比较重，如果直接使用活力99生酵剂粉剂，则需要较多的玉米粉配合发酵，也需要较长的时间来启动发酵，而保健液中含有丰富的有机酸如乳酸，除了立即能降低PH值，使鸡粪回到中性外，还可以起到杀菌的作用（乳酸杀菌作用），能尽快启动发酵。
⑶ 含水量调节，入缸，发酵技术操作：
另外，再加水调节含水量，将上述原料调制成含水量为50--60%，以手捏成团，手指间有水印出但不流出为度，打堆，或者放入发酵池中，或发酵容器中，用塑料布密封好，进行厌氧发酵，发酵容器可用半地下式的水泥池，也可用陶瓷容器，或用半地下式的土坑（但先要用塑料布垫底），或用塑料袋，不进水，顶上稍垫高一点以防进水，发酵15～25天，即可产生曲香味或酸香味（视天气温度而时间不同）即可使用。
请注意要发酵彻底才能使用，最好是进行二次发酵处理，即发酵七天左右，再耙开物料，翻动一下，再密封好进行发酵，这样做的目的是为了让其充分发酵，充分杀死其中的病原体和虫卵，翻动一次的目的是让空气大量进入，使之再次发热发酵一次。
注意事项：
（1） 发酵的时间如我们定为15～25天，实际上可能七天就完全发酵好了，只是粪便类物料成分复杂，杂菌含量及可能的病原体含量比较多，为了确实稳定的效果，所以，才定得比较长，特别是气温低的冬天初春等季节，由于温度低，发酵启动慢，所以造成发酵时间长，发酵鸡粪有一个升温过程，温度最高可以达到70度，只要经过了这个高温过程，一般的寄生虫卵，病菌营养体等统统都会杀灭，所以，同时经常性检查,如用一根长的温度计，插入料中，测量温度情况，如果料温在两天内达到了30度以上的温度，说明发酵启动了，再一天后就可以发酵成熟,因为既然到了30度了,则一天内就一定会出现60度的高温发酵期。而过了高温期一天后，就可以用了。如果一直没有检测到高温期，但温度也可以维持到20度以上，则可能您错过检测高温期了，温度慢慢降下来了，物料中也没有微生物所能利用的营养，当然发酵就会停止，温度就会下降。
当然，我们的发酵，并不完全依靠发酵产生高温来消灭病菌，还有就是发酵产酸，产乳酸链球菌素，以及通过乳酸菌的微生态平衡，来抑杀病菌，有的用户发酵鸡粪可能并没有达到较高温度，（特别是加入的疏松剂不多，或物料太粘实，以及冬天等情况下），但只要产生了酸香味，和酒香味，也说明有益菌，特别是乳酸菌等占据了微生态优势地位，这也完全可以用于喂猪的，也说明了其中的有害病原菌得到了完全的控制，实践证明，即便是常温发酵，产正常的酸香和酒香的情况下，里面的大肠杆菌基本不存在 。
（2） 发酵鸡粪与发酵其他糟渣饲料不同，一是因为鸡粪比较脏臭，含非蛋白氮比较多，同时，含有较多的杂菌、有害细菌、甚至寄生虫等，所以，相对而言，对厌氧的要求不严格，甚至要求有一定的空气进入才行，进入少量的空气，进行半厌氧发酵；
进入空气的目的，是为了让物料相对发热，提高料温，杀死其中的杂菌、有害细菌和寄生虫；另外一个目的是，半好氧的发酵，有利于菌体细胞的合成，可以充分利用鸡粪中的非蛋白氮来转化成真蛋白质；
所以，发酵鸡粪可以用打堆的方式进行发酵，甚至可以比较松散地放入发酵池或其他发酵容器中，简单地覆盖密封即可；这样，可以相对地进入较多的空气，让物料尽早发热升温，同时，合成更多的菌体细胞，提高营养；
但是，空气的进入并不是无节制的，不能进行完全的好氧发酵，如果象发酵床那样进行完全的好氧发酵，则鸡粪中的碳水化合物能量，会基本消耗完毕，物料损耗巨大，可能100斤发酵后只剩下50斤不到了等等。
如果是用来作为有机肥的发酵方法：
一、动物粪便堆肥发酵的操作
即热厩法，或疏松堆积发酵法（各种秸秆和动物粪便的发酵方法）：
（1）纯碎的各种动物粪便、污泥等原料操作方法：（一包本品处理1000公斤混合湿料）
需要配合秸秆类以利于疏松透气，秸秆预处理：麦秆稻草不需要处理，玉米秆则要铡成20厘米以内，或破碎处理，或拖拉机轧破或压断处理，如果不切短处理，则长秸秆的发酵时间需要适当延长；
秸秆的加入量，视您的资源搭配情况有如下范围：秸秆料U湿粪料＝300～800U700～200，这里的秸秆也可以使用草料、蔓藤、食用菌糠、花生壳、荚壳类等；
加水：控制含水量在70%左右，干秸秆一般加水量为1U1.8，再加入湿粪料，如果是新鲜秸秆，则适当减少加水量，如果粪料是干的，则还得加入粪料量1U1的水；
本品一包可处理上面的混合湿料1000公斤，将本品1包与2公斤米糠（或玉米粉、麦麸、薯粉、麦粉、谷粉等）混合，制成菌种混合物备用，目的是便于搅拌均匀；
配料操作：辅一层秸秆或草料，洒一层菌种混合物，洒一层湿粪料，再按秸秆比例洒一次水湿透秸秆，再适当耙几下简单混合；直到1000公斤秸秆和粪料全部辅完，要求堆高最少80公分，最上面一层用半湿的秸秆覆盖（特别是冬天堆肥时可起到保温作用），如果遇上下雨天，可以简单地用塑料薄膜覆盖一下，但不需要密封（注：秸秆腐熟是好氧发酵，不可密封，并要求尽量疏松堆放），除冬天外的晴天可及时掀开塑料薄膜一次/天，以利于通气好氧发酵，为了避雨，有条件的也可以再在料上方设置遮雨的雨棚，防止雨水淋湿；
适当松料一次，以增强发酵，充分成熟：一般物料会在发酵1～2天内（冬天慢一些），内部温度可以达到50～70℃以上，再保持到第3天后，即建议可开始松料处理，可用木棒或长耙插入料中松动几下。几天后，如果温度超过65℃，则可再次松料，一般松料2次，温度保持相对恒定后发酵就完成了。发酵成功的标志是：物料已经完全没有了粪便的臭味，相反有种淡淡的生物发酵后的芳香味，堆内布满大量白色菌丝。
发酵时间的长短，取决于所用原料的污染程度，以及所加入的秸秆是否作为铡短处理，或者说，如果粪料比较恶臭，则相应地发酵时间比较长，可能需要20天以上，如果相对比较新鲜的粪料，则发酵10天就可成功，期间每3天松料一次，只需要松料或翻动两次即可；
注意事项，发酵的好坏与发酵量有关，发酵太少，则不容易升温成功等，一次堆料不少于4方，高度不低于80cm，环境温度在5℃以上为好。冬天生产应设法保温发酵。
发酵制作有机肥是以一定的好氧发酵为基础的，最好的发酵方式是半好氧发酵，或者说要适当控制空气进入，以防止过多地挥发肥效物质；
发酵好的有机肥一般可以直接作为生物肥，也可以进入后续的生产工艺，譬如造粒等，以提高其经济附加值。
经过加工处理的鸽粪，饲料营养价值仍然比较高，利用价值很大，从节约的角度可加以综合利用，发挥其价值。常见的加工方法有：
（1）干燥
①地面干燥，鸽粪可单独或掺入一定比例的麦麸（20%左右），摊在向阳、干净的地方自然干燥，防止雨淋。干燥后可保存待用，注意水分要低于14%。②大棚干燥，将鸽粪平铺于塑料大棚地面上，厚约2厘米，直至干燥。
（2）青贮
将鸽粪混入糠麸青贮，比例为鸽粪65%、草粉20%、糠麸15%，使水分保持在60%左右（用手握紧而不出水），放入饲料袋内（每袋可装100～200千克），压实、密封，不留死角、不漏气、不漏水。一般经4～8周后可以利用。
（3）化学处理
尽早收集计划化学处理的鸽粪，同39%的甲醛（福尔马林）混合处理。福尔马林的添加量以干鸽粪的0.7%计算，混匀放置3小时后即可利用。化学处理法还可降低蛋白质溶解度，提高蛋白质的利用率。
加工后的鸽粪可进行合理利用，可用来喂猪、牛、羊、鸭和鱼等，添加时要循序渐进，一般前5天添加比例不超过5%，以后每隔3～5天增加5%左右，直到10%～20%。喂鸭时可撒在地面上让鸭自由采食。
需要注意的是上述几种方法加工针对的都是健康鸽的粪便，病鸽的粪便应剔除，对病鸽的粪便应采用深埋或焚烧等方式进行无害化处理。
